Пакет аналитического программного обеспечения WiSoft® Minerva предлагает чрезвычайно многофункциональную обработку изображений, сегментацию, количественный и многопараметрический статистический анализ, а также разнообразные средства визуализации изображений и данных. Богатый набор функций и модулей анализа изображений, а также большой набор инструментов визуализации изображений и выходных данных гибко объединяются в аналитический комбайн в рамках интерфейса, основанного на рабочем процессе.

• Индивидуальные сценарии анализа — Minerva предлагает очень гибкие решения для сбора данных из образцов широкого спектра клеточно-биологических, иммунологических, фармацевтических и биомедицинских приложений. Удобные, гибкие и модульные инструменты программного обеспечения позволяют выполнять мощную, но универсальную обработку и анализ изображений. Чтобы не отставать от растущих исследовательских потребностей пользователей, Minerva состоит из блоков для анализа изображений, позволяющих создавать высококонтентные приложения для анализа изображений, адаптированные к вашим исследованиям.
• Анализ высокого разрешения — без ущерба для скорости Minerva предназначена для анализа очень больших массивов данных изображений с высокой скоростью обработки. Сложные алгоритмы обработки изображений и статистические оценки многопараметрических данных позволяют собирать богатую информацию без ущерба для скорости анализа.
• Простые инструменты визуализации — для отображения результатов предлагается большое количество инструментов визуализации и представления данных, таких как гистограммы, диаграммы рассеяния, тепловые карты, графики и диаграммы числовых данных, инструменты для работы с субпопуляциями и многое другое.
• Простота создания сценариев анализа — Minerva позволяет биологам, не являющимся экспертами в области анализа изображений, самостоятельно разрабатывать сценарии анализа изображений. Изображения можно сегментировать всего несколькими щелчками мыши, а затем быстро и легко разработать индивидуальные алгоритмы. Модульность Minerva позволяет адаптировать готовые модули анализа для конкретных биологических анализов, просто программировать сценарии анализа, используя предварительно настроенные функции анализа изображений, а также программировать на высоком уровне, добавляя алгоритмы для специализированных функций. Интерфейс, основанный на рабочем процессе, состоит из простой навигации по модулям анализа для простого создания новых функций. Программное обеспечение предлагает гибкие форматы ввода и вывода данных и единую структуру данных, позволяющую легко объединять функции из внешних источников.
• Мощные средства многопараметрической статистической оценки — Minerva проводит многопараметрический анализ влияния обработанных клеток, определяемых по морфологическим, многоцветным и зависящим от времени признакам, и сравнивает их с контрольными с помощью различных статистических оценок. Меню статистических программ предлагает быстрые оптимизированные алгоритмы предварительной обработки изображений, богатый выбор методов сегментации для идентификации клеток и внутриклеточных особенностей и количественной оценки морфологических, интенсивных и текстурных особенностей. Мощные статистические инструменты позволяют определять эффекты и реакции на возмущения в многопараметрическом пространстве, а также интегрировать данные скрининга для глобальной визуализации и интерактивного поиска данных. Уникальный инструмент Outliers позволяет исключить из статистических расчетов объекты, значения которых заметно отличаются от других объектов в наборе данных, чтобы добиться более точного и достоверного представления результатов.

Приложения для анализа (неполный список):

• Подсчет клеток (включая выделение клеток в агрегатах)
• Гибель клеток (токсичность, митотический индекс)
• Форма и полярность клеток
• Отслеживание клеток (миграция, зависимость характеристик от времени)
• Ядерные и субъядерные структуры
• Соотношение цитоплазмы и ядра
• Особенности актинового цитоскелета
• Особенности цитоскелета микротрубочек
• Особенности фокальной адгезии
• Особенности внутриклеточных везикул
• Особенности митохондрий
• Организация системы Гольджи
• Особенности эндоплазматического ретикулума

Модули обработки изображений (неполный список):

• Субклеточная ко-локализация и корреляция изображений
• Количественная оценка ингибирования протеасомы
• Анализ динамики микротрубочек
• Многоцветный анализ лимфоидных клеток
• Бактериология (подсчет и сортировка бактерий)
• Иммунология

Предварительная обработка: Коррекция поля, удаление шума, оценка и вычитание фона

Сегментация: Усиление контраста, усиление текстуры Методы порогового выделения, связанные компоненты «blobs» (binary, WatersShed, SeededWaterShed), волокна, точки, разделение и объединение сегментов, объединение масок, вторичные маски

Количественная оценка: Морфологические атрибуты: площадь, периметр, наилучший эллипсоид, выпуклый корпус, полярность, эксцентриситет, массивность, отношение длинной оси к короткой.

Атрибуты интенсивности флуоресценции: общая интенсивность, средняя интенсивность, интенсивность, вычитаемая из фона, соотношение интенсивности цветов, взвешенная по интенсивности текстура.

Динамические атрибуты: зависимость атрибутов от времени в каждой клетке, скорость перемещения, скорость внутриклеточного транспорта, кривые лекарственного отклика.

Сегментация: Повышение контраста, улучшение текстуры Методы порогового выделения, связанные компоненты «блобы» (бинарные, WatersShed, SeededWaterShed), волокна, точки, разделение и объединение сегментов, объединение масок, вторичные маски

Количественная оценка: Морфологические атрибуты: площадь, периметр, наилучший эллипсоид, выпуклый корпус, полярность, эксцентриситет, массивность, отношение длинной оси к короткой.

Атрибуты интенсивности флуоресценции: общая интенсивность, средняя интенсивность, интенсивность, вычитаемая из фона, соотношение интенсивности цветов, взвешенная по интенсивности текстура.

Динамические атрибуты: зависимость атрибутов от времени в каждой клетке, скорость перемещения, скорость внутриклеточного транспорта, кривые лекарственного отклика.

Статистика: Однопараметрические средние, медианы, процентили и непараметрические сравнения распределений, многопараметрические методы (например, кластеризация, расширенные главные компоненты, оценки на основе Махаланобиса).

Предварительная обработка: Коррекция полей, обесцвечивание, оценка и вычитание фона

Сегментация: Усиление контраста, пороговые методы усиления текстуры, связанные компоненты «пятна», волокна, точки, разделение и объединение сегментов, объединение масок, вторичные маски

Количественная оценка Морфологические атрибуты: площадь, периметр, наилучший эллипсоид, выпуклый корпус, полярность, эксцентриситет, массивность, отношение длинной оси к короткой. Атрибуты интенсивности флуоресценции: общая интенсивность, средняя интенсивность, интенсивность, вычитаемая из фона, соотношение интенсивности цветов, взвешенная по интенсивности текстура. Динамические атрибуты: зависимость атрибутов от времени в каждой клетке, скорость перемещения, скорость внутриклеточного транспорта, кривые лекарственного отклика.

Статистика: Однопараметрические средние, медианы, процентили и непараметрические сравнения распределений, многопараметрические методы (например, кластеризация, расширенные главные компоненты, оценки на основе Махаланобиса).

Визуализация биомаркеров: Количественный анализ клеточных биомаркеров

Морфология клеток и количественная оценка на уровне клеток: Точное обнаружение и сегментация краев клеток в разреженных культурах и в колониях клеток.

Субклеточные особенности; обнаружение и количественная оценка: Ядра РНК (РНКи, мРНК) ДНК (мтДНК) Актин Цитоскелет Микротрубочки Гольджи Везикулы Фокальные адгезии Митохондрии

Динамические процессы; отслеживание событий с высоким временным разрешением: Динамика клеток Движение микротрубочек, рост и сокращение; фаго-кинетические треки; экспрессия и локализация белков; скрэтч-анализ для заживления ран

Модельные системы: Клетки животных; Живые клетки; Фиксированные клетки; Первичные клетки; Бактерии; Вирусы; Дрожжи; Сфероиды; Органоиды; Зебрафиш; C-elegans

Операционная система: Microsoft Windows® XP

Модульность:

• Предварительно сконфигурированные шаблоны на основе сценариев для быстрого обучения и быстрой настройки при разработке анализов, масштабируемое развертывание
• Готовые к использованию модули для широкого спектра приложений
• Функции для пользовательских последовательностей анализа
• Поддержка пользовательской разработки новых функций и алгоритмов
• Инструмент ручной настройки параметров

Импорт/экспорт:

Импорт распространенных форматов изображений с микроскопа
Гибкий формат входного изображения
Экспорт изображений и масок в форматы TIFF, JPEG и BMP, а также числовых данных в формат CSV

Скорость: Быстрая обработка сложных наборов данных позволяет анализировать изображения во время получения

Визуализация:

Одно изображение
Монтаж или плитка из нескольких изображений
Наложение многоцветных изображений и масок
Графики и диаграммы числовых данных

Анализ изображений и статистические инструменты:

Методы сегментации клеток и внутриклеточных особенностей
Количественная оценка интенсивности морфологии и флуоресценции, а также текстурных особенностей
Инструменты непараметрической статистики
Инструменты многопараметрического анализа
Автоматическое исключение промахов
Интерактивный поиск данных

Скачать брошюру WiSoft

Примечания к применению