IDEA Bio-Medical с гордостью представляет ПО Athena – новое поколение в области анализа Zebrafish. Наше новое уникальное специализированное аналитическое программное обеспечение для автоматизированного анализа микроскопических изображений Zebtafish обеспечивает простую и быструю количественную оценку флуоресценции, измерение морфологических изменений и других фенотипических особенностей личинок Zebtafish о в формате высокой производительности.
ПО Athena Zebrafish подходит для широкого круга исследователей и поддерживает вывод изображений в различных форматах практически от всех производителей микроскопов.
Программное обеспечение позволяет проводить анализ рыбок данио без учета параметров, используя простые изображения в ярком поле. Он автоматически обнаруживает эмбрионы и личинки рыбок данио в возрасте до 5 дней (dpf), извлекая контур рыбы и большую часть ее внутренней анатомии: желточный мешок, глаз, пуповину и многое другое, а также участки тела головы, туловища и хвоста.
Для каждого из этих объектов программное обеспечение измеряет морфологию (площадь, длину и форму) и может обнаруживать флуоресценцию в соответствующих цветовых каналах. Поддерживаются как интенсивность флуоресценции, так и обнаружение пятен/структур в пределах конкретной анатомии.
Рыбки Данио Рерио (Danio rerio) являются привлекательным модельным организмом для изучения патологии человека из-за их оптической прозрачности и генетической управляемости. Они служат отличной альтернативой скринингу млекопитающих из-за стоимости, производительности и снижения этических проблем.
Автоматизированный анализ рыбок Данио предъявляет уникальные требования из-за универсальности органов и особенностей, которые необходимо обнаружить.
Чтобы увеличить пропускную способность, надежность и обеспечить объективный анализ изображений рыбок данио, IDEA Bio-Medical разработала новое программное обеспечение на основе искусственного интеллекта для автоматического определения контуров рыб и внутренней анатомии на изображениях в ярком поле. Идентифицируя эти трудноопределимые структуры, наше программное обеспечение поддерживает анатомический контекст связанных с ними сигналов флуоресценции, чтобы обеспечить получение изображений рыбок Данио с высоким содержанием. Таким образом, морфология рыбок данио, а также подсчет пятен/клеток для конкретного региона и измерение интенсивности флуоресценции легко поддаются количественной оценке.
Быстрый и простой пользовательский интерфейс
Предназначен для неспециалистов в области анализа изображений
Совместим с изображениями, получаемыми с коммерческих микроскопов
Самый быстрый и простой доступный инструмент для скрининга рыбок Данио на основе изображений
Новые алгоритмы идентификации рыб и органов на основе искусственного интеллекта
Для быстрого обнаружения рыб и внутренних органов в brightfield не требуется вмешательства пользователя
Комбинируйте с флуоресцентной маркировкой для совместного структурного анализа
Обеспечьте правильную ориентацию рыбы при последующем анализе с помощью настраиваемого программного выбора
Программное обеспечение подходит для исследователей, которые получают изображения только нескольких рыб в неделю, а также для исследователей, получающих изображения сотен и тысяч рыб на многолуночных планшетах для крупномасштабных экранов.
Программное обеспечение принимает любые микроскопические изображения, поддерживая множество форматов изображений с ручных микроскопов или автоматизированных систем обработки изображений от таких производителей, как Leica, Zeiss, Nikon и других.
Непревзойденная производительность: анализ сотен личинок рыбок Данио за считанные минуты
Анализирует рыбу без этикеток или с флуоресцентной маркировкой и внутренние органеллы
Проанализируйте личинку вашей рыбы от головы до хвоста с помощью поддерживаемого анализа изображений в одной плоскости, Z-стека и проекционных изображений
Athena Zebrafish поддерживает загрузку широкого спектра форматов изображений как с соответствующими метаданными, так и без них. Изображения должны быть либо 8-битными, либо 16-битными в оттенках серого, поскольку цветные изображения RGB не поддерживаются.
Без метаданных поддерживаются следующие форматы изображений: *.tif, *.tiff, *.png, *.bmp, *.jpg, *.jpeg. Для этих форматов пользователи могут вручную определять размер пикселя, а программное обеспечение может идентифицировать соответствующие цветовые каналы, присутствующие в отдельных файлах изображений. Чтобы сгруппировать цветовые каналы вместе, в имени файла каждого изображения должен присутствовать идентифицирующий текст, например, Brightfield_01.tif, Green_01.tif, Red_01.tif. Многостраничные стеки изображений *.tif принимаются, когда каждая страница соответствует либо Z-, либо T-стеку (замедленная съемка). Каждый Z- или T-фрагмент анализируется отдельно, и 3D-рендеринг не поддерживается.
При загрузке OME-TIFF и фирменных форматов (*.czi, *.nd2 и т.д.) Athena может автоматически извлекать следующие связанные метаданные:
Размеры каждого изображения: скважина, поле в скважине, длина волны, индекс времени, индекс Z-стека.
Размер в пикселях
Информация о табличке
Цель
У рыбок Данио Athena есть четыре требования для визуализации эмбрионов или личинок рыбок данио на микрофотографии:
Поддерживается анализ личинок и эмбрионов рыбок данио до 5 DPF (5 дней после оплодотворения).
Изображение рыбки данио должно быть получено с использованием проходящего света для определения контуров и анатомии. Флуоресцентные изображения всего тела не поддерживаются.
Канал проходящего света должен иметь яркий (белый) фон. Наилучшие результаты получаются при съемке рыбок данио при стандартном освещении ярким полем, а не при использовании методов усиления контрастности проходящего света (например, фазового контраста, ДВС).
На изображении должно быть видно все животное целиком, от головы до хвоста. Изображения, визуализирующие только определенные области, такие как сердце или хвостовой плавник, пока не поддерживаются.
App Note (Download):Automated, deep learning-based Zebrafish image analysis for stress dependent stem cell response in the tail region
Methods Paper: A versatile, automated and high-throughput drug screening platform for zebrafish embryos
Review paper: Technologies bringing young zebrafish from a niche field to the limelight Jason John Otterstrom, Alexandra Lubin, Elspeth Payne, Yael Paran, SLAS Technology, 2022, ISSN 24726303, https://doi.org/10.1016/j.slast.2021.12.005.
Scientific poster from ZDM15 event: Enhancing efficiency of microscopy with zebrafish
Доктор Бет Пэйн, доцент кафедры клинической медицины Института рака Калифорнийского университета, и ее студентка, доктор Александра Любин, описывают, как программное обеспечение IDEA Bio-Medical Athena Zebrafish помогает им в исследованиях миелодиспластического синдрома (MDS) и острого миелоидного лейкоза (ОМЛ). на моделях рыбок Данио.
Высококачественные автоматизированные решения
для визуализации клеток и анализа изображений
Расширьте ваши возможности по изучению клеток
с помощью нашей автоматизированной технологии
Поля помеченные * - обязательны для заполнения
Поля помеченные * - обязательны для заполнения
Поля помеченные * - обязательны для заполнения
